うーん

比較するとgateway-config.xmlもflex-config.xmlも微妙に変わって無くない？コメントとかはともかくとしても気になるなあ、おかしい。
　（追記）web.xmlとgateway-config.xmlはBetaから変更があるようなので、S2Flex-exampleにあるファイルも新規に上書きしてやらないと動作しません。
　flex.jarにある最新のweb.xmlとgateway-config.xmlをコピーして、S2Flexのドキュメント通りに再定義すれば動作します。